SPS協(xié)議強(qiáng)調(diào)，檢疫的保護(hù)水平應(yīng)是恰當(dāng)?shù)模⑼ㄟ^風(fēng)險(xiǎn)評估來確定。要求各締約方所采取的檢疫措施應(yīng)建立在風(fēng)險(xiǎn)評估基礎(chǔ)上，應(yīng)考慮到對動植物生命或健康的風(fēng)險(xiǎn)性，對環(huán)境的針對性，也可參考有關(guān)國際組織新開發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)評估技術(shù)。
　　在風(fēng)險(xiǎn)評估中，要獲得生物學(xué)方面的科學(xué)依據(jù)，如：某些病蟲害流行，病蟲害非疫區(qū)的存在，有關(guān)的生態(tài)和環(huán)境條件；還包括有關(guān)檢驗(yàn)、抽樣和測試方法，以及檢疫或其他處理方法。
　　在風(fēng)險(xiǎn)評估中，可考慮的經(jīng)濟(jì)因素：由于病蟲害的傳入、定居或傳播，對生產(chǎn)或銷售造成損失的潛在損害；在進(jìn)口成員國領(lǐng)土上控制或根除病蟲害的成本；以及采用其他方法來控制風(fēng)險(xiǎn)的有關(guān)實(shí)際開支。
　　SPS措施強(qiáng)調(diào)，如一成員的檢疫措施的科學(xué)依據(jù)不足，這些檢疫措施只能是暫時(shí)的，應(yīng)收集更準(zhǔn)確的資料作PRA。