對于整箱托運(yùn)的集裝箱貨物運(yùn)費(fèi)的計收：一種方法是同拼箱貨一樣，按實(shí)際運(yùn)費(fèi)噸計費(fèi)。另一種方法，也是目前采用較為普遍的方法是，根據(jù)集裝箱的類型按箱計收運(yùn)費(fèi)。
　　在整箱托運(yùn)集裝箱貨物且所使用的集裝箱為船公司所有的情況下，承運(yùn)人則有按“集裝箱最低利用率”（COntainer Minimum Utilization）和“集裝箱最高利用率”（Container Maximum Utilization）支付海運(yùn)運(yùn)費(fèi)的規(guī)定。
（1）按集裝箱最低利用率計費(fèi)
　　一般說來，班輪公會在收取集裝箱海運(yùn)運(yùn)費(fèi)時通常只計算箱內(nèi)所裝貨物的噸數(shù)，而不對集裝箱自身的重量或體積進(jìn)行收費(fèi)，但是對集裝箱的裝載利用率有一個最低要求，即“最低利用率”。不過，對有些承運(yùn)人或班輪公會來說，只是當(dāng)采用專用集裝箱船運(yùn)輸集裝箱時，才不收取集裝箱自身的運(yùn)費(fèi)，而當(dāng)采用常規(guī)船運(yùn)輸集裝箱時則按集裝箱的總重（含箱內(nèi)貨物重量）或總體積收取海運(yùn)運(yùn)費(fèi)。
　　規(guī)定集裝箱最低利用率的主要目的是，如果所裝貨物的噸數(shù)（重量或體積）沒有達(dá)到規(guī)定的要求，則仍按該最低利用率時相應(yīng)的計費(fèi)噸計算運(yùn)費(fèi)，以確保承運(yùn)人的利益。在確走集裝箱的最低利用率時，通常要包括貨板的重量或體積。最低利用率的大小主要取決于集裝箱的類型、尺寸和集裝箱班輪公司所遵循的經(jīng)營策略。當(dāng)然，在有些班輪公會的費(fèi)率表中，集裝箱的最低利用率通常僅與箱子的尺寸有關(guān)，而不考慮集裝箱的類型。目前，按集裝箱最低利用率計收運(yùn)費(fèi)的形式主要有三種：最低裝載噸、最低運(yùn)費(fèi)額以及上述兩種形式的混合形式。
　　最低裝載噸可以是重量噸或體積噸，也可以是占集裝箱裝載能力（載重或容積）的一個百分比。以重量噸或體積噸表示的最低裝載噸數(shù)通常是依集裝箱的類型和尺寸的不同而不同，但在有些情況下也可以是相同的。而當(dāng)以集裝箱裝載能力的一定比例確定最低裝載噸時，該比例對于集裝箱的載重能力和容積能力通常都是一樣的，當(dāng)然也有不一樣的。
　　最低運(yùn)費(fèi)額則是按每噸或每個集裝箱規(guī)定一個最低運(yùn)費(fèi)數(shù)額，其中后者又被稱為“最低包箱運(yùn)費(fèi)”。
　　至于上述兩種形式的混合形式則是根據(jù)下列方法確定集裝箱最低利用率：
　　①集裝箱載重能力或容積能力的一定百分比加上按集裝箱單位容積或每集裝箱規(guī)定的最低運(yùn)費(fèi)額；
　　②最低重量噸或體積噸加上集裝箱容積能力的一定百分比。 來源:報關(guān)員培訓(xùn)網(wǎng)
（2）虧箱運(yùn)費(fèi)（Short fall Freight）的計算
　　當(dāng)集裝箱內(nèi)所裝載的貨物總重或體積沒能達(dá)到規(guī)定的最低重量噸或體積噸，而導(dǎo)致集裝箱裝載能力未被充分利用時，貨主將支付虧箱運(yùn)費(fèi)。虧箱運(yùn)費(fèi)實(shí)際上就是對不足計費(fèi)噸所計收的運(yùn)費(fèi)，即是所規(guī)定的最低計費(fèi)噸與實(shí)際裝載貨物數(shù)量之間的差額。在計算虧箱運(yùn)費(fèi)時，通常是以箱內(nèi)所載貨物中費(fèi)率最高者為計算標(biāo)準(zhǔn)。此外，當(dāng)集裝箱最低利用率是以“最低包箱運(yùn)費(fèi)”形式表示時，如果根據(jù)箱內(nèi)所載貨物噸數(shù)與基本費(fèi)率相乘所得運(yùn)費(fèi)數(shù)額，再加上有關(guān)附加費(fèi)之后仍低于最低包箱運(yùn)費(fèi)，則按后者計收運(yùn)費(fèi)。
（3）按集裝箱最高利用率計收運(yùn)費(fèi)
　　集裝箱最高利用率的含義是，當(dāng)集裝箱內(nèi)所載貨物的體積噸超過集裝箱規(guī)走的容積裝載能力（集裝箱內(nèi)容積）時，運(yùn)費(fèi)按規(guī)定的集裝箱內(nèi)容積計收，也就是說超出部分免收運(yùn)費(fèi)。至于計收的費(fèi)率標(biāo)準(zhǔn)，如果箱內(nèi)貨物的費(fèi)率等級只有一種，則按該費(fèi)率計收；如果箱內(nèi)裝有不同等級的貨物，計收運(yùn)費(fèi)時通常采用下列兩種做法：一種做法是箱內(nèi)所有貨物均按箱內(nèi)最高費(fèi)率等級貨物所適用的費(fèi)率計算運(yùn)費(fèi)；另一種做法是按費(fèi)率高低，從高費(fèi)率起往低費(fèi)率計算，直至貨物的總體積噸與規(guī)定的集裝箱內(nèi)容積相等為止。
　　需指出的是，如果貨主沒有按照承運(yùn)人的要求，詳細(xì)申報箱內(nèi)所裝貨物的情況，運(yùn)費(fèi)則按集裝箱內(nèi)容積計收，而且，費(fèi)率按箱內(nèi)裝貨物所適用的最高費(fèi)率計。如果箱內(nèi)貨物只有部分沒有申報數(shù)量，那么，未申報部分運(yùn)費(fèi)按箱子內(nèi)容積與已申報貨物運(yùn)費(fèi)噸之差計收。
　　規(guī)定集裝箱最高利用率的目的主要是鼓勵貨主使用集裝箱裝運(yùn)貨物，并能最大限度地利用集裝箱的內(nèi)容積。為此，在集裝箱海運(yùn)運(yùn)費(fèi)的計算中，船公司通常都為各種規(guī)格和類型的集裝箱規(guī)定了一個按集裝箱內(nèi)容積祈算的最高利用率，例如，20ft集裝箱的最高利用率為31立方米，而40ft集裝箱的最高利用率為67立方米。最高利用率之所以用體積噸而不用重量噸為計算單位，是因?yàn)槊恳患b箱都有其最大載重量，在運(yùn)輸中超重是不允許的。因此，在正常情況下，不應(yīng)出現(xiàn)超重的集裝箱，更談不上鼓勵超重的做法。