威廉二世曾在當(dāng)年6月表示：必須大舉進(jìn)攻北京，將它夷為平地（Peiking muss regelrecht angegriffen und dem Erdboden gleichgemacht werden）。此后不久，德國駐華公使克林德被殺，威廉二世旋即下令進(jìn)行軍事報復(fù)，中德關(guān)系跌落至最低點(diǎn)。事實(shí)上，義和團(tuán)運(yùn)動最先起于山東省，而山東省正是德國的勢力范圍。在義和團(tuán)戰(zhàn)爭中，威廉二世要求德國軍隊(duì)像當(dāng)年的匈奴軍隊(duì)一樣無情消滅中國人，這段比喻令德國軍隊(duì)在兩次世界大戰(zhàn)中被稱為u201c匈奴兵u201d。

中國向與之交戰(zhàn)的11國（參加聯(lián)軍的八國以及未出兵的西班牙、比利時、荷蘭）賠款白銀4.5億兩，其中德國獲得9007萬兩，占賠款總額的五分之一。此外清朝還派醇親王載灃前往德國，就克林德公使被殺一事向德國謝罪，并在克林德被殺的東單路口樹立牌坊以示紀(jì)念。

中德關(guān)系在辛丑條約后得到了一定程度的恢復(fù)。執(zhí)掌清朝政權(quán)的慈禧太后試圖依賴德國的先進(jìn)工業(yè)和技術(shù)，實(shí)現(xiàn)1898年被她親手中斷的維新運(yùn)動。在這段時期里，德國對中國法律的影響也很大。在清朝滅亡前夕，中國的改革者仿照日本的先例，參照德國民法典，制訂了清朝的第一部民法。