根據(jù)工作任務，市口岸辦設置2個職能科室：

協(xié)助本辦領導協(xié)調(diào)機關工作；提出中、長期口岸建設的建議，提出口岸建設投資的分配、使用意見；制訂機關工作制度；負責會議組織、文電處理、信訪、保衛(wèi)、檔案、保密、機關行政事務管理等工作；負責口岸的內(nèi)外宣傳、教育培訓工作；負責口岸綜合性文件、材料的起草工作；負責機關組織、人事、勞資、紀檢、監(jiān)察工作；負責機關財務與后勤管理工作。

檢查監(jiān)督國家有關口岸工作的方針、政策和法規(guī)在本地區(qū)口岸的執(zhí)行情況；研究制訂本地區(qū)口岸管理的具體辦法和實施細則，并負責監(jiān)督檢查；負責監(jiān)督檢查口岸、查驗監(jiān)管單位及直接為口岸服務的部門按各自的職責和規(guī)定進行查驗、監(jiān)管工作；協(xié)調(diào)查驗單位之間工作關系，幫助處理有關問題；負責新開口岸的可行性研究、審理和報批工作；參與口岸管理、查驗制度改革及有關政策擬訂；負責本地區(qū)口岸服務業(yè)務指導；參與對外開放、經(jīng)濟協(xié)調(diào)的指導工作；負責出口加工區(qū)、保稅物流中心等口岸生產(chǎn)經(jīng)濟單位的監(jiān)督指導工作；負責協(xié)調(diào)和指導打擊走私等相關工作；負責本系統(tǒng)對外經(jīng)濟統(tǒng)計分析工作。