學院與商務部、海關總署、國家質量監(jiān)督檢驗檢疫總局、文化部等政府部門保持直接和緊密性學術聯(lián)系，是國際海關大學同盟的正式成員，并多次參加了WCO舉行的PICARD海關學術交流年會；與聯(lián)合國國際勞工組織保持廣泛聯(lián)系和合作。學院與中國海關信息中心建立了戰(zhàn)略合作關系，成立了服務中國海關事業(yè)發(fā)展的外海（外經(jīng)貿(mào)-海關）智庫中心。與中國行政管理學會、中國海關學會、中國口岸協(xié)會等非政府組織保持學術合作關系。^[1]

學院與奧地利約安諾姆應用科技大學簽訂了派送學生學習交流協(xié)議；與美國佐治亞州立大學簽署了聯(lián)合培養(yǎng)MPA碩士研究生協(xié)議；與美利堅大學、科隆商學院、紐約城市大學、澳大利亞堪培拉大學、莫納什大學、奧地利約安諾姆應用科技大學、瑞士高級公共管理學院等海外高校確立了合作辦學意向。^[1]